整個運河支隊抗日紀念館包括大廳部分和七個展廳。

大廳是整個紀念館的序曲，展出的內容有兩大部分。第一部分是鐫刻在大廳北面墻上《運河支隊大事記》，它記載了運河支隊的光輝歷史和豐功偉績。大廳的第二部分，在不同的歷史時期，是黨和國家領導人對運河支隊的親切關懷和高度評價（分布在大廳左右兩側）。

七個展廳分別是《運河支隊的組建和發(fā)展歷程》、《敢于在鬼子頭上跳舞》、《秘密交通線上的忠誠衛(wèi)士》、《運河支隊堅持統(tǒng)一戰(zhàn)線》、《人民支持和根據地建設》、《抗日烈士永垂不朽》、《運河支隊軍魂永存》。